Film ini bercerita tentang satelit pembuatan makanan yang tidak dapat terkendalikan oleh penciptanya, namun kemudian Flint dan teman-temannya berhasil menghentikannya. Namun, pada akhirnya Flint dan teman-temannya terpaksa meninggalkan kota asal mereka.
Selanjutnya Flint telah menerima sebuah undangan yang berasal dari idolanya yaitu Chester V . Undangan tersebut berisi tentang sebuah permintaan untuk bergabung bersama Live Corp Company. Dalam perusahaan tersebaut Flint dan teman-temanya ditugaskan untuk membersihkan sebuah pulau. Saat itu Flint dapat menemukan sebuah mesin yang masih dapat beroperasi, lalu kemudian Flint dan teman-temanya menciptakan binatang mutan makanan, seperti Tacodiles, Shrimpanzees dan Apple Pie Thons. Namun akhir cerita dari cloudy with a chance of meatballs 2, Flint dan teman-temannya harus kembali lagi ke kota asalnya untuk menyelamatkan dunia.
